این نظام‌نامه حاصل به هم پیوستن پنج فصل اصلی است. فصل اول، کلیات است. در این فصل به معرفی مفاهیم پایه‌ی این مرکز یعنی «میان‌رشتگی» و «مطالعات قرآنی» پرداخته شده است.  فصل دوم، ماهیت و روند پژوهش میان‌رشتگی قرآنی در مرکز مطالعات است. این فصل متشکل از چهار بخش است. بخش اول «رویکرد مرکز مطالعات به پژوهش میان‌رشته‌ای» است. بخش دوم «ابعاد پژوهش میان‌رشته‌ای در مرکز مطالعات» است. صحبت از سطوح، گستره و گونه‌ی میان رشتگی مطلوب در این مرکز از جمله مباحثی است که در این قسمت پوشش داده شده است. بخش سوم «فرایند پژوهش میان‌رشته‌ای در مرکز مطالعات» است و در آن سخن از سازوکار ساماندهی و تدوین تحقیقات ارائه شده است. نظام نامه پژوهشی مرکز مطالعات از طریق لینک زیر قابل دسترس است.